Anaiek giza transmutazioaren teknika alkimiko debekatua egiten dute Trisha izurritez hiltzen denean hura berpizteko ahaleginean. Ondorioz, transmutazioak atzera egiten du eta truke berdinarekin, ezkerreko hanka eta Alphonseren Edwarden gorputz osoa hondatu egiten dira. Edwardek eskuineko besoa galtzen du Alphonseren arima salbatzeko, odol-zigilu bat armadura batekin lotuz. Roy Mustang-ek Edward Alphonseren gorputza leheneratzeko metodo bihurtzera gonbidatzen du Estatuko Alkimista batek ikertu dezan. Edward garaile, Fullmetal Alchemist bere post-adar protesikoaren arabera izena bihurtuz.
Hiru urteren buruan, Elrics-ek Harri filosofal mitikoa bilatzen dute beren helburuak gauzatzeko. Marcohek bere oharrak bidaltzen ditu haiek aurki ditzaten, baina Harria benetan egiteko ezinbesteko faktorea gizakien sakrifizioak direla ikasten dute. Mustang-en lagunak, Maes Hughesek, ikerketak aurrera jarraitzen du, baina Homunculien estrategiak aurkitzeko Inbidia mozorrotuta hiltzen dute tiroz.
Izumirekin ikusita, Elric-ek gizakiaren transmutazioa hilda jaiotako umeari egin ziola jakin dute. Greed homunculus maltzurrak Alphonse harrapatzen du, baina Amestrisen presidente King Bradleyk salbatzen du, homunculus Wrath gisa funtzionatzen duela erakutsita. Gutizia, beraz, Homunkulen Aita sortzaileak urtu eta berriro xurgatzen du. Winry eta Elrics Central Cityra itzultzen dira Hughesekin joateko, baina haren heriotzaren berri dute. Maria Ross tenienteari Hughesen hilketa egotzita dago, baina itxuraz Mustang-ek hil du. Hala ere, Edwardek jakin du Ross-en irteera antolatu zela Mustang-ek Estatu Batuetatik Xingera kontrabandoan eraman ahal izateko, Ling Yao printze xingearrak lagunduta. Hohenheim Edwardekin elkartuko da, baina bizilekuan egon ez izanagatik mespretxatzen du.
Narrazioak aurrera egin ahala, Homunkuliekin topo egiten dute protagonistek behin eta berriz. Mustang-ek lizunkeria hiltzen du; Mustang-ek eta Ling-ek Gluttony harrapatzen dute, baina Envy bere nuluan kontsumitzen amaitzen du, eta Edward, Ling-ek sabela bezala. Gluttonyk Alphonse eramango du Aita ezagutzera, baina Ling eskuinera homunculus bihurtzen da, zehazki Greed-en avatar berriena, besteak Gluttony-ren sabeletik ihes egiten dutenean. Elrics askatu egiten dira beren atzetik jarraitzeko, baldin eta Aita haien aurka ez badago.
Briggs azpian lurpeko tunel bat kokatuz, Olivier Armstrong jeneralak Father and the Elrics transmutazio talde nazional bat sortzen ari da eta herritarrei eman nahi die jainkotasunera igo ahal izateko. Gutizia berreskuratzen du Aitaren eta bere aurrekoaren oroitzapenak traizionatzen ditu, ondoren eta Edward Kimblee Hohenheim-en kimeraren minions elkartuz. Hohenheimek bere semeei banan-banan ezagutarazten die ez dela hilkorra, Aitak laurehun urte duela lau ehun urte lehenago Filosofal Harri bizi batean bihurtua.
Promesaren Eguna iristen da eta Aita bere estrategiari hasiera emateko prestatzen da eklipse bat eta giza transmutazioa saiatu zirenak bere sakrifizio gisa ezinbestekoak izanik. Protagonista ezberdinak Aitaren minoiekin gatazkan daude, Homunculi guztiak iraungitzen direlarik. Mustang behartu baten atzetik, baita Elrics ere, Izumi, Hohenheim biltzen dira aitak transmutazio nazionala aktibatzen duelako. Hala ere, Scar eta Hohenheim-ek amestriarrak aktibatzen dituzte, kontraneurrien bidez salbatzeko. Gutizia hondatzen du Aitak, aita lurretik aurrez aurre dagoen arren, non protagonistek bere Filosofo-Harria higatzeko borrokatzen duten.
Alphonse, bere armadura Aitaren aurkako azken gatazkaren ondorioz hondatuta dagoen, bere izpiritua ematen dio eskuineko besoa berreskuratzeko, eta honek Aitaren Harria hondatuko du, Edwarden Egiaren Ate etereora itzuliz. Edwardek alkimia egiteko ahalmena galtzen du arima eta Alphonseren gorputza berreskuratzeko. Hohenheimek hilobia ikusten du Trisha-ren irribarre batekin.
