Azken Ordena Desty Novaren nanoteknologiak Alita berpizten duenean hasten da Tiphares hiri mugikorrean. Herriaren sekretu beltzak biziki agerian daude, baina badirudi konplikatua den munduaren zati txiki bat dela. Konpainia zahar eta berriekin espaziora joan zen ahaztutako iraganari buruz gehiago jakiteko eta berdin, galdutako Lou Collins laguna bilatzeko, Alita kolonizatutako eguzki-sistemako potentzia nagusien arteko planetako arteko borroka batean harrapatuta dago. Bidean, Alita hiru kopiarekin sinatzen hasi diren aliantza bat egiten du orain, bere buruari sinesten ez zaion superhacker batekin eta Nova bera gauzen Zenith Txapelketan (ZOTT), 10 urtetik behin egiten den borroka lehiaketan, sartzen denean. Lurrak narratibaren iraupen osoan zehar jendearen gehiengoa desagerrarazi zuen eragin kataklismikoaren neguan agertu zen modua barne, aurreko katean azaldu ez zen Battle Angel Alitaren ezarpenari buruzko historia gehiago erakusten da.
